Del logo se destaca: El azul y el rojo representan los colores de la Bandera Nacional. En la «Q» de Química se muestra la flor nacional, la orquídea del Espiritú Santo (Peristeria elata). La silueta es el mapa de Panamá, en el medio se resalta el Canal de Panamá, lugar donde se unen los dos oceanos, el Pacífico y el Atlántico.
Panamá es reconocido como «Puente del mundo y corazón del Universo»
El átomo representa a la ciencia y transmite conocimiento e innovación. La letra «V» por ser el quinto congreso. El matraz redondo coloca a la química como ciencia central. El microchip como referencia a la tecnología. El azul eléctrico representa el cielo profundo y brillante. El celeste representa las nubes. El color verde contiene la tierra que es protegida por la ciencia (química). El gris plateado significa tecnología.